Pole a sorpresa di Johan Zarco che sul circuito di Motegi ha preceduto di 318 millesimi un ottimo Danilo Petrucci con la Ducati del Team Pramac. A completare la prima fila c'è il campione in carica Marc Marquez. Male Dovizioso, solo nono, peggio Valentino Rossi (dodicesimo a oltre 4 secondi) ma pericolo scampato per lui che ancora convalescente è stato protagonista di una scivolata fortunatamente senza conseguenze. In Moto2 miglior tempo per il pilota di casa Nakagami. In Moto 3 con pista bagnata pole di Bulega.
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